シークレットサービスで働く男性のピートと女性のマイカは異動を命じられ、北米のほぼ中央に位置する僻地、サウス・ダコタへ。２人を待っていたのは、荒れ果てた土地に建つ巨大な“第13倉庫（ウェアハウス13）”。そこは合衆国政府が世界中から集めた、超常現象を呼び起こす“極秘収集物”を保管する場所で、ベテランのアーティーが管理人を務める。ピートとマイカの任務は世界中に散らばる“遺物”を密かに捜索・回収し、完全に収納することだった。彼らのチームは他に、“第13倉庫”の統括責任者フレデリック夫人、ピートとマイカが住む“リーナ・ホテル”の主人リーナ、天才科学者ジョシュア・ドノバンの妹で才能を認められてチームに加わった元ハッカーの少女クローディアもいる。
シーズン１では、アーティーのかつての同僚マクファーソンが復讐に燃え、チームの敵に。マクファーソンは倉庫から奪った遺物をオークションにかけるが、それはチームを狙った罠だった。一度はアーティーに捕まったマクファーソンだが、倉庫で眠らされていたある偉人を目覚めさせてしまう。偉人は“第13倉庫”チームの新たな敵になっていくのか。
またチームは引き続き、伝説的ボディビルダーのチャールズ・アトラスが残したトランクス、テレビを発明したフィロ・ファーンズワースが残した３Ｄ映写機、名写真家マン・レイが残したカメラ、巨大客船タイタニックの破片など、極秘収集物の謎に挑むが……!?