シークレットサービスのピートとマイカは突如、“国家の安全の為”という理由で異動命令を受け、ワシントンDCから僻地サウス・ダコタへ飛ばされる。 2人を待っていたのは荒れ果てた土地にそびえ立つ巨大な“第13倉庫(ウェアハウス13)”だった。 そこは超常現象を呼び起こす特殊な人工遺物を、政府が極秘で管理する場所だったのだ! 世界に散らばる“極秘収集物”を密かに捜索・回収し、完全に収納すること。それが2人に与えられた任務だった。