異常現象を起こして世界の運命を変えかねない“極秘収集物”を合衆国政府が集めた“第13倉庫（ウェアハウス13）”。シークレットサービスの男女コンビであるピートとマイカ、女性ハッカーのクローディアらは管理人アーティーのもと、世界中に散らばる遺物を捜索・回収し、倉庫に収納するミッションに挑み続ける。
謎の大物サイクスは手下たちを操り、なんと“第１３倉庫”を爆破してしまう。その影響で世界から希望が失われ、社会は大混乱に。またそのせいでアーティーもバチカンの修道士エイドリアンの怒りを買い、クローディアに命を狙われるという妄想に取りつかれていく……。
神武天皇のカラスの羽など、新たな“極秘収集物”が予期せぬ事態を生む一方、マイカが妊娠したり（？）、“鏡の国のアリス”が再出現する上、おなじみの登場人物の家族が初めて登場するなど、ロングランヒットドラマらしい見どころを満載。安定した面白さだ。
ゲスト出演陣も充実。前シーズンに続くＴＶ「地上最強の美女！　バイオニック・ジェミー」のリンゼイ・ワグナー（第６話）を筆頭に、エイドリアン役のブレント・スパイナー（ＴＶ「新スター・トレック」のデータ役）、ＴＶ版「デッド・ゾーン」のアンソニー・マイケル・ホール（前シーズンに続いてのサイクス役）、ＴＶ「ＥＲ　緊急救命室」「ＴＨＥ ＥＶＥＮＴ／イベント」のローラ・イネス（第８話）など、米国の映画・ＴＶファンにおなじみの顔ぶれが集まっている。